現在の宝くじには大きく分けて「開封くじ」、「被封くじ（スクラッチ）」、「数字選択式宝くじ」と3つの方式がある。
開封くじ
開封くじとは、一意の番号が印刷された券を一定の金額（1枚100～500円）で購入し、後日の抽せんで番号が一致すれば現在は100円～最高で数億円の当せん金を受け取ることのできる宝くじ。1945年より発売が始まり、1959年のサイズ統一、1982年の「当せん番号自動照合機」導入に伴う規格統一を経て、現在に至る。
ジャンボくじなどはこの方式であり、単に「宝くじ」といえばこの方式のくじを指す。
発売元・販売地域などによって、以下のような分類がある。なお、発売元が記載されていないものは、販売地域内の全都道府県・政令指定都市が発売元である。サマージャンボ宝くじ（市町村振興が目的のため、政令指定都市は発売元とならない）など、一部例外がある。
- 全国自治宝くじ - 全国で販売
- 東京都宝くじ - 東京都で販売
- 関東・中部・東北自治宝くじ - 北海道・東北・関東（東京都を除く）・中部地方（三重県を含む）で販売
- 近畿宝くじ - 近畿地方（三重県を除く）2府4県で販売
- 西日本宝くじ - 中四国・九州および沖縄県で販売
- 地域医療等振興自治宝くじ（レインボーくじ、地域医療等振興分） - 発売元は栃木県（県内に自治医科大学があるため）、販売地域は東京都、北海道、大阪府、京都府および青森・宮城・福島・茨城・栃木・群馬・埼玉・千葉・神奈川・新潟・長野・岐阜・静岡・愛知・三重・兵庫・岡山・広島・山口・愛媛・福岡・長崎・熊本・鹿児島の各県
このうち、「東京都宝くじ、関東・中部・東北自治宝くじ、近畿宝くじ、西日本宝くじ」をあわせてブロックくじと呼ぶ。
開封くじの番号
開封くじの番号は、組と番号に分かれ、番号は100000番を一番低い数字とし、199999番までの10万通を一組として取り扱われる。組は、01組から開始されるが、くじの種類、当せん本数の関係などから、上限は特に決まっていない（主に全国自治宝くじにおいては100を超える組番が付与される傾向にある）。ただし、ジャンボくじは伝統的に一ユニット（ユニット制については後述）につき1000万枚とされていることから、01組から100組までの組番号が付番されている。
ユニット制
ユニット制とは、主にジャンボくじで用いられる方式で、特定の番号群で構成されるくじ券を一つの塊（ユニット）として、ユニットを増加させることによって発売可能な枚数を増加させる方式のことである。これにより、予め需要の枚数を厳しく見積もることなく、場合によっては発売状況に応じて追加で新しいくじ券を発売することが可能となった。なお、一般的な開封くじでのみ用いられ、ユニット番号は番号印刷部の組番上部に「ユニットxx」という形で表示されている。
ユニット制を用いたユニークなくじとしては、シートくじ（縦または横に複数のくじ券を印刷し、境界線をミシン目にしたもので、発売者はシートで発売しても、切り離して発売してもよい）において、2枚の1シートにおける番号を同一とし（上がユニット1で下がユニット2など）、シートで購入すれば、当せんしたときの金額が純粋に2倍（つまり両方当せんする）になるものなどが挙げられる。
払い戻し率
当せん金付証票の当せん金品の金額又は価格の総額は、その発売総額の五割に相当する額に加算金を加えた額をこえてはならないとされている。加算金とは、例えばロト6におけるキャリーオーバーにあたるものであるから、ほとんどの宝くじの払い戻し率は50%以下と考えて良い。
ただし公営競技の払戻金などは一時所得であり課税対象であるのに対して、宝くじの当せん金については払戻金が販売総額の50%であるため先に税金分が天引きされているとみなして所得税・住民税が免除されている。
なお、海外の宝くじは日本より払い戻し率（および賞金）が高いが、日本において海外の宝くじを販売し利益を得る事は違法である。
当せん金品の支払
当たった場合の当せん金の受け取りは、みずほ銀行本支店のほか、1万円（「5万円マーク」を掲示している売り場においては5万円）以下であれば、宝くじ売り場（宝くじを販売している郵便局を含む。数字選択式の場合は、数字選択式を発売している売り場）でも当せん金を受け取ることができる。1万円超の場合は券面の所定欄に住所・氏名・電話番号の記入を要し、50万円以上の場合はこれに加えて本人確認資料と印鑑が必要となる。また、その日のうちに受け取れるのは100万円までで、それを超える場合は手続きの都合で受け取りまでに数日かかる。ただし、テレビ報道などによれば、みずほ銀行本店においては、照合の時間さえ待つことが出来れば、ジャンボくじの1等2億円であっても、即日現金で支払いを受けることが可能とされている（待ち時間は2時間程度）。これは、高額当せんのくじ券を確認照合するための設備が、本店にしか存在しないからという説が一般的である。
また、ロト6を代表とする数字選択式宝くじを所定の銀行口座にてATM購入した場合の当せん金は、原則として抽選日の翌々営業日(例：木曜抽せんのロト6の場合、翌週月曜日に所定口座の振込・ただし間に祝祭日が無い場合)に、購入時の銀行口座に振込まれる（本人確認が既に行われているため）。
当せん金付証票法第12条の規定により、宝くじの抽せん日（実際はそれから数日後の支払開始日）から1年後の前日（当該日が銀行休業日の場合は翌営業日）までに当せん金を受け取らない場合は、時効によって当せん金を受け取ることができなくなる。
また、同法第13条の規定により、宝くじの当せん金については、所得税は課されない。しかし、「当せん金には、所得税がかかりません」という記述からか、いまだに住民税はかかると誤解している人が多いが、住民税は所得税がかかる所得に対してのみかかるものであるため、当せん金には住民税もかからない。
1,000万円以上の高額当せん者には、当せん後のアドバイスが書かれた本『【その日】から読む本』が配られている。
当せん金品の支払い請求に関しては、法律上の制限は一切ないため、仮に懸賞等でくじ券を譲渡（贈与）された未成年者などであっても、当せんしていれば誰でも支払い請求を行うことが出来る。ただし、50万円以上の当せん金の受け取りには身分証明書と印鑑が必要となり、未成年が受け取る際は保護者に支払われる。
当せん金品の上限
当せん金付証票法第5条第2項の規定により、当せん宝くじ一枚あたりの当せん金は、原則として額面金額の20万倍が上限である。1987年の年末ジャンボ宝くじにおいて、一枚300円の宝くじとしては上限になる、一等6000万円の当せん金が設定された。また、1989年の年末ジャンボ宝くじにおいて、一等の前後賞に2000万円を設定することで「一等・前後賞あわせて1億円」の当せん金が設定された。
1996年「阪神・淡路大震災復興協賛宝くじ」で、一枚500円の宝くじが初めて発売され、一等には上限となる1億円の当せん金が設定された。過去に一枚500円の宝くじが発売されたのは、これを含めて数回しかない。
1998年に当せん金付証票法第5条第2項が改正され、当せん金設定の例外として、自治大臣（現・総務大臣）の指定を受けた宝くじは、当せん宝くじ一枚あたり額面金額の100万倍を上限とする当せん金の設定が可能になった。この指定を初めて受けたのが1999年のドリームジャンボ宝くじであり、一枚300円に対して、一等当せん金は2億円であった。
その後に発売され、一等当せん金が額面金額の20万倍を超えているものは、すべて例外として総務大臣（旧自治大臣を含む。以下同じ）の指定を受けたものである。例えば、2005年「新潟県中越大震災復興宝くじ」は、先述の「阪神・淡路大震災復興協賛宝くじ」と同じく一等1億円であったが、総務大臣の指定による当せん金の例外設定であるため、一枚200円での発売であった。
一方、総務大臣の指定を受けない宝くじは現在もなお、原則通り額面金額の20万倍が上限である。例えば、100円くじ（その名の通り一枚100円で発売され、ブロックくじの開封くじであることが多い）では、しばしば一等2000万円の当せん金設定が見られる。ただし、2006年4月26日、100円くじとしては初めてとなる、総務大臣の指定を受けた宝くじが発売され、一等3000万円の当せん金が設定された。
理論上、総務大臣の指定を受けた宝くじは、一枚300円の場合一等3億円、一枚500円の場合一等5億円が上限となるが、現時点においてそのような当せん金設定の宝くじは発売されたことがない。
収益金の取扱い
当せん金支払い分と事務経費を差し引いた残りである宝くじの収益金は、発売元の都道府県と政令指定都市の収入となる。
政令指定都市で販売された分については全額当該政令指定都市に（サマージャンボ宝くじなど一部例外あり）、それ以外の市区町村で販売された分（サマージャンボなど一部は政令指定都市で販売された分も）については当該市区町村が属する都道府県に、それぞれ納められる（例えば仙台市内の発売所で発売したロト6は仙台市の、サマージャンボは宮城県の収益になる）。収益金の使い道は法律で決められており、主にいわゆる「箱もの」整備の財源に税金の代わりとして使われるが、最近では、高齢者福祉などいわゆる「中身」事業の財源に充てられるケースもある。また都道府県から、各市区町村における売上げ実績や財政状態などに応じて、各市区町村に「市町村振興補助金」として分配される（原則として政令指定都市を除く）。
上記のような経緯から、市区町村の中には、日常から広報誌で宝くじの宣伝を行うところもあり、ジャンボ宝くじの時期になると、「○○ジャンボ宝くじは市内（区内、町内、村内）で買いましょう」とのキャッチフレーズを載せるケースもある。
これは特に政令指定都市が近くにある市町村にとっては死活問題化しているため。政令指定都市で販売された分の売上げは一部を除いて自分たちの懐に入らないため、住民が他の自治体の売場で宝くじを購入するのを抑えたいという願いからと思われる。
2008年度の宝くじ売り上げは1兆419億円で、内訳は当せん金45.7%、経費14.2%、自治体の収益金40.1%であった。このうち経費から日本宝くじ協会、自治総合センターの2公益法人へ、自治体の収益金から全国市町村振興協会、自治体国際化協会、地域創造、自治体衛星通信機構の4公益法人へ事業資金が拠出されている。これら6公益法人の歴代理事長43人全員が所管の旧自治省、総務省からの天下りであることが明らかになっている。